regionファイル（拡張子.reg）を作成して、ds9で読み込む

たとえば、fugafuga.fitsなる画像ファイルにおいて、image座標？で(50,50)を中心に持つような半径9の赤い円と、(50,50)を中心に持つような半径14の緑の円を描く場合は

# Region file format: DS9 version 4.0
# Filename: fugafuga.fits
global color=red font="helvetica 10 normal" 
select=1 highlite=1 edit=1 move=1 delete=1 include=1 fixed=0 source
image
circle(50,50,9) 
global color=green font="helvetica 10 normal" 
select=1 highlite=1 edit=1 move=1 delete=1 include=1 fixed=0 source
image
circle(50,50,14)

をエディタで作成してfugafuga.regとして保存して、ds9の

[Region] > [load]

から呼び出してあげればよいです。